Các nhà khảo cổ học đã phát hiện ra hai đồng tiền cổ của Trung Quốc thời Hán là Ngũ Thù và Vương Mãng. Đây là phát hiện quan trọng cho thấy Hội An đã trở thành thương cảng từ cách đây 2000 năm trước. Tuy nhiên, thời kỳ thịnh vượng đầu tiên của Hội An phải đến thế kỷ IX và X dưới thời vương quốc Chăm Pa. Khi đó mảnh đất này có tên gọi là Lâm Ấp Phố. Các thương gia từ Ả Rập, Ba Tư, Trung Quốc kéo đến nơi đây để buôn bán và trao đổi vật phẩm. Có một khoảng thời gian dài, Lâm Ấp Phố là một trong những yếu tố quan trọng dẫn đến sự hưng thịnh của kinh thành Trà Kiệu và thánh địa Mỹ Sơn.
Khoảng đầu thế kỷ XVII, phố Nhật Bản ở Hội An phát triển cực thịnh trong đầu thế kỷ XVII, khi triều đình nhà Minh của Trung Quốc ban lệnh cấm xuất khẩu một số nguyên liệu quan trọng sang Nhật Bản khiến các Mạc phủ Nhật Bản mở rộng quan hệ ngoại thương với Đông Nam Á để mua lại hàng hóa Trung Quốc. Cùng với những chính sách mở rộng giao thương của triều Nguyễn, thương cảng Hội An đã thu hút nhiều thuyền buôn của Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh, Pháp, Ấn Độ, Trung Quốc, Xiêm…tập nấp đến giao thương. Lượng thuyền vào thương cảng đông “như rừng tên xúm xít” (1), hàng hóa thì “không thứ gì không có”, và số lượng thì “cả trăm chiếc tàu to chở cùng một lúc cũng không hết được” (2).
Từ giữa thế kỷ XVI, chúa Nguyễn tập trung phát triển kinh tế Đàng Trong, mở rộng giao thương buôn bán với nước ngoài, Hội An trở thành thương cảng quốc tế sầm uất bậc nhất khu vực Đông Nam Á và là mắt xích quan trọng trong hệ thống thương mại Viễn Đông.
Tuy nhiên, từ cuối thế kỷ XIX, do cửa sông Cửa Đại ngày càng bị thu hẹp lại và con sông Cổ Cò cũng bị phù sa bồi lấp, khiến các thuyền lớn không còn ghé được cảng Hội An. Cùng với một số yếu tố bất lợi như chính sách bế quan tỏa cảng của vua Nguyễn, sự xuất hiện của Đà Nẵng và đầu tư của Pháp vào thương cảng này đã khiến cho Hội An suy thoái dần và đánh mất đi vị thế của mình.
(1) (trích trong Hải ngoại ký sự của Thích Đại Sán)
(2) (trích từ Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn)